Екатерина II была первой русской правительницей, даровавшей многочисленному мусульманскому населению России права и возможности для культурного и религиозного развития. Политика Екатерины II не только подтверждала её приверженность идеям Просвещения, но и способствовала достижению целей мирного подчинения народов Средней Азии и служения их интересам империи.
Время правления Екатерины II (1762-1796 гг.) называют также эпохой просвещённого абсолютизма в России. Императрица, вдохновлённая идеями деятелей эпохи Просвещения (Вольтера, Дидро, Монтескье), осуществила ряд прогрессивных реформ, которые, однако, не затрагивали основ её абсолютной власти. Одним из столпов Просвещения была веротерпимость, которая заключалась в отказе от насильственного приобщения людей к какой-либо вере. Как писал Вольтер в «Трактате о веротерпимости»: «Старайтесь не совершать насилия над сердцами людей и все сердца будут ваши». Таким принципом руководствовалась и Екатерина II. Её реформы, затрагивающие интересы мусульман, ознаменовали разрыв с политикой предыдущих русских правителей.
17 июня 1773 года был издан указ Синода о веротерпимости, запрещавший архиереям вмешиваться в религиозные дела представителей других конфессий, включая и мусульман. Стоит отметить, что после покорения Казанского, Астраханского и Сибирского ханств при Иване Грозном на Руси началась христианизация местного мусульманского населения. Было запрещено строительство новых мечетей, а старые разрушались.
Ещё до принятия указа о веротерпимости Екатерина II в 1766 году посетила Казань, после чего разрешила сооружение каменной мечети в городе. В 1768-1770 гг. там возвели две мечети – Апанаевскую и Марджани, они сохранялись до наших дней. Указ 1773 года окончательно снял запрет на строительство новых мечетей.
Екатерина II способствовала и развитию образования и культуры мусульман. В конце XVIII века в Российской империи начали открываться первые медресе (мусульманские школы). В 1787 году в типографии Академии наук был издан первый в России полный текст Корана на арабском языке.
Ещё одним важным нововведением времён Екатерины II было основание духовной организации мусульман и её подчинение государству. В 1782 году в Уфе был учреждён муфтият, а в 1788 году было создано Оренбургское магометанское духовное собрание (ОМДС), юрисдикция которого распространялась на всю территорию Российской империи, не считая Крыма, присоединённого в 1783 году. Таким образом, все мусульмане империи были объединены в единый миллет еще и административным образом.
Духовное собрание подчинялось Министерству иностранных дел: муфтий, стоявший во главе ОМДС, и другие члены духовенства назначались министром. Помимо религиозных функций ОМДС обладало широкими судебными и административными полномочиями, включая сбор налогов с мусульманского населения, осуществление правосудия по гражданским делам в соответствии с законами шариата, регистрация брака, рождения, смерти.
Наследником Оренбургского магометанского духовного собрания сегодня является Центральное духовное управление мусульман России - одна из главных российских мусульманских организаций.
Политика веротерпимости позволила Екатерине II одновременно решить несколько задач. Кроме того, что она соответствовала принципам просвещённого абсолютизма, её проведение преследовало и более практические цели. В частности, создание религиозных организаций, в том числе и мусульманских, помогало установить государственный контроль за нравственным воспитанием подданных. ОМДС также служило проводником российских интересов в Средней Азии. В знак признательности татары называли императрицу Эби пашта (Бабушка-царица).
По мнению учёного востоковеда Г.Г. Косача, татары «становились, полезны русским… с точки зрения своих экономических навыков, хозяйственной инициативы и предприимчивости, контактов с иными мусульманскими народами… и в силу этого, укрепления российских возможностей на Южном Урале, в казахских степях и Средней Азии». Это был наилучший способ мирного распространения российского влияния на кочевые народы региона. С этой же целью в 1782 году Екатерина II одобрила строительство мечетей на южных рубежах империи. Окончательное присоединение региона к России состоялось во второй половине следующего века.
Тандем магометанского духовенства и государства, созданный во времена правления Екатерины II позволил мусульманскому населению империи развивать свою культуру, религию и образование в рамках существующей государственной системы. Можно сказать, что именно в тот период были заложены основы межконфессиональных отношений, существующих в современной России.