Многие злодеяния, инкриминируемые коммунистам в гражданской войне 1918-1922 гг., совершались либо ещё нерегулярными частями Красной гвардии либо силами ВЧК, продовольственной армии и т.п. специальных подразделений. Тем не менее, и на долю регулярной Красной армии остаётся немало позорных страниц.
5 июля 1918 года в Ярославле началось вооружённое выступление офицеров, подготовленное «Союзом защиты родины и свободы» под руководством эсера Бориса Савинкова. Мятеж был приурочен к активным действиям антисоветской Народной армии в Поволжье и ожидавшейся высадке союзников в Архангельске (ни того, ни другого не состоялось). Восставшие захватили арсеналы, разоружили большинство советских частей в городе и овладели центральной частью города. К ним присоединились многочисленные добровольцы из гражданского населения Ярославля.
Пассивность повстанцев, вызванная их необоснованной надеждой на внешнюю помощь, позволила большевикам быстро оправиться от шока и сосредоточить силы для подавления мятежа. Поскольку мобилизация населения в Красную армию была объявлена всего за несколько дней до этого, то Красная армия состояла в основном из частей наёмников-«интернационалистов». В наступлении на Ярославль приняли участие три латышских полка, венгерский и варшавский «революционные полки» (в последний входила отдельная китайско-корейская рота).
Командующий Ярославским фронтом Анатолий Геккер и начальник Ярославского военного округа Константин Нейман сосредоточили против города артиллерию и с 13 июля повели его методичный обстрел, а также начали его бомбёжки с аэропланов. У повстанцев артиллерии не было. Уничтожая квартал за кварталом, красные сжимали кольцо окружения. Оставшиеся повстанцы 21 июля сдались под гарантии находившейся в городе комиссии по репатриации германских военнопленных во главе с лейтенантом Балком. После вмешательства германского посла Ботмера 24 июля Балк выдал всех интернированных (428 человек) большевикам, которые незамедлительно их расстреляли во исполнение телеграммы Троцкого.
Всех подозрительных лиц (то есть «классово чуждых») согнали в концлагеря. Рабочий Костылёв, сочувствовавший большевикам, свидетельствовал, что все те задержанные, за кого не мог поручиться никто из «пролетариев», были расстреляны. Во время боёв за город было разрушено 80% его зданий, 28 тысяч жителей остались без крова. Было уничтожено или сильно пострадало множество памятников архитектуры. В огне погибли Демидовский лицей и его библиотека, немало музейных экспонатов и архивных материалов.
Все последующие восстания, здесь описанные, отличались своей стихийностью и тем, что их подняли не «эксплуататоры», а рабочие и крестьяне. Одним из крупнейших стало восстание, ядром которого стали рабочие оружейных заводов в Ижевске и Воткинске. 8 августа 1918 года, в ответ на приказ советской власти выступить на фронт, поднялись рабочие Ижевска. В середине августа советская власть в округе была свергнута. В тылу советского Восточного фронта возникла освобождённая территория. 31 августа повстанцы взяли город Сарапул, где находился штаб 2-й советской армии.
Однако повстанцам не удалось наладить взаимодействие с войсками Народной армии под Казанью. В середине сентября красные повели наступление на освобождённый район. Подавлением восстания командовал начальник 2-й сводной дивизии Владимир Азиньш. 60% его войск составляли интернациональные наёмники. 7 ноября 1918 года красные заняли Ижевск. Часть повстанцев сумела прорваться на соединение с белогвардейскими армиями, где потом воевала в составе особой Ижевско-Воткинской рабочей дивизии.
После взятия Ижевска и Воткинска начались массовые расстрелы, которыми вначале занимались именно красноармейцы. Уже на следующий день после овладения Ижевском они расстреляли более 400 человек. В дальнейшем террор производился силами ВЧК.
В начале 1919 года Астрахань стала прифронтовым городом. Резко ухудшилось материальное положение рабочих. В городе началось брожение. 6 марта большевики сократили пайку хлеба рабочим до одного фунта. В ответ на это 10 марта рабочие нескольких крупнейших предприятий собрались на стихийный митинг. Временный революционный комитет во главе с Сергеем Кировым приготовился во всеоружии. По митингующим был открыт огонь из пулемётов. Вслед за тем начались массовые расстрелы, жертвами которых стали от 200 до 4000 человек. Террором занимались части 11-й армии, направляемые председателем её реввоенсовета Константином Мехоношиным.
Каждое из таких восстаний – отдельная тема. Все они сопровождались массовыми расстрелами не только взятых в плен, но и гражданского населения. В разгар крестьянского восстания Александра Антонова (1920-1921), 11 июня 1921 года, командующий войсками Тамбовской губернии Михаил Тухачевский издал приказ, по которому красные командиры имели право расстреливать без всякого суда и разбирательства всех невооружённых лиц в районе военных действий, сжигать дома и т.д. Массовые расстрелы заложников применялись в тех случаях, когда крестьяне отказывались выдавать оружие и «бандитов».
Так, 27 июня в селе Осиновка красноармейцы взяли 40 заложников и половину из них расстреляли, после чего крестьяне выдали на расправу 5 «бандитов», которые тут же были расстреляны.
Тухачевский докладывал: «Без расстрелов ничего не получается. Расстрелы в одном селении на другое не действуют, пока в них не будет проведена такая же мера».
В заложники брали, не разбирая возраста, в том числе малолетних детей, отрывая их от матерей и помещая в концлагеря. Комиссия ВЦИК отмечала такую практику, указывая на её незаконность.
Массовое заложничество практиковалось также при подавлении Западно-Сибирского крестьянского восстания 1921-1922 гг. Общее количество убитых крестьян, как участвовавших в военных действиях, так и мирного населения, не поддаётся учёту. Счёт должен вестись, по-видимому, на десятки тысяч. После подавления Кронштадского мятежа в марте 1921 года было расстреляно не менее двух тысяч человек. Все эти операции проводились регулярными частями Красной армии.
Химическое оружие было впервые использовано командующим Украинской группой советских войск левым эсером Михаилом Муравьёвым в Киеве в феврале 1918 года. Затем Тухачевский широко применял химические снаряды против восставших крестьян на Тамбовщине. При подавлении Ярославского (1918) и Кронштадтского (1921) мятежей химические боеприпасы также были приготовлены, но их использованию помешала погода.