Эпидемии чумы и некоторых других заболеваний (холеры, тифа) были страшным стихийным бедствием для человечества до самого недавнего времени. Они вспыхивали внезапно. Их природы никто не знал. Лечить их не могли. Бороться с их распространением не умели. Эпидемии казались неотвратимой карой Божьей, столь же внезапно отступающей лишь по неисповедимому Божьему милосердию. И самой страшной из болезней была чума, от которой умирало 95% больных. Заболевший чумой человек был уже фактически обречён.
В XVII веке эпидемии чумы неоднократно опустошали Западную Европу и Русь. Последняя крупная вспышка чумы в Европе произошла в 1720 году на юге Франции, куда она была завезена через марсельский порт с Ближнего Востока. Тогда умерло несколько сотен тысяч человек.
В 70-е годы XVIII века чума в России появилась с театра русско-турецкой войны в Молдове. В ноябре 1770 года в Московском военном госпитале умер от чумы привезённый с войны офицер, а потом и лечивший его доктор. Другим источником чумы стала шерсть, по дешёвке скупавшаяся торговцами в той же Молдове. С нею в Москву попали чумные блохи. На Большом суконном дворе в Замоскворечье, где обрабатывалась эта шерсть, в первую декаду марта 1771 года умерли 130 человек.
Первым ещё в конце 1770 года забил тревогу старший медик Генерального госпиталя Афанасий Шафонский. Он диагностировал «моровую язву» (как тогда называли чуму) у умерших 24 человек и доложил властям. За несколько лет до того императрица Екатерина II своим указом ввела в действие «Устав пограничных и портовых карантинов». Шафонский немедленно стал приводить его в исполнение в военном госпитале в отношении раненых и больных, доставляемых с войны. За это его едва не сняли с должности и не подвергли суду.
Московские власти, по обычной российской привычке делать вид, будто ничего не происходит, до тех пор, пока бедствие не станет непоправимым, скрывали его масштабы и выставляли людей, разглашавших нежелательную информацию, фантазёрами, а то и преступниками, сеющими смуту. По Москве расклеивались афиши, в которых смертельные случаи официально объяснялись «заразительной горячкой» (так тогда обычно называли грипп).
Летом 1771 года случаи заражения «моровой язвой» и смертей от неё стали угрожающе множиться. Московский генерал-губернатор граф Пётр Салтыков, вначале делавший всё, чтобы не допустить разглашения сведений об эпидемии, был вынужден смущённо сообщить Екатерине II о том, что в Москве всё-таки чума. А вскоре, сам боясь заразиться, бежал в своё подмосковное имение Марфино, откуда вернулся только после ослабления эпидемии. За такое поведение императрица 13 ноября того же года уволила его с должности.
Ещё раньше Салтыкова из Москвы потянулись помещики и чиновники. Бегство обеспеченных людей из первопрестольной приняло повальный характер. А вслед за Салтыковым из Москвы сбежали градоначальник, полицеймейстер и прочее начальство Власть полностью утратила контроль над Белокаменной. Повсеместно то тут, то там происходили мародёрства, разбои, убийства, а унять их было некому. Наконец, осенью 1771 года разразился массовый бунт, подобного которому в Москве не было больше ста лет.
Архиепископ Московский и Калужский Амвросий (в миру Андрей Зертис-Каменский, сын выходцев из Молдовы, родившийся в малороссийском Нежине) был просвещённым, по меркам своего времени, человеком. Не было тогда понятия о дезинфекции. Никто тогда не знал, что возбудителями самых опасных болезней являются микроорганизмы (хотя последние, как таковые, стали известны науке больше, чем за то лет до того), которые могут передаваться от больных людей к здоровым непосредственно или через предметы. Но жизненный опыт подсказывал, что контакты такого рода при эпидемиях всегда следует ограничивать или совсем прекращать.
В разгар эпидемии по Москве пронёсся слух, будто «чудотворная» Боголюбская икона Богоматери, что в часовне у Варварских ворот Китай-города, приносит исцеление от «моровой язвы». В часовню потянулись толпы богомольцев, среди которых уже было немало инфицированных чумою. Случаи заболевания, естественно, резко участились. Архиепископ, повинуясь интуиции, а может, и какому-то внушению свыше, в ночь на 14 сентября распорядился спрятать икону в храме Кира и Иоанна, что на Солянке (уничтожен в 1934 году). Кроме того, владыка Амвросий запретил молебны, так как массовые скопления народа явно способствовали распространению заразы.
Меры архиепископа ввели тёмный люд первопрестольной столицы в немалый соблазн. Поползли нехорошие слухи, а страх перед чумой усилил панику и вызвал всплеск ярости и насилия. 15 сентября толпа народа, вооруженная топорами и всяким дрекольем, собралась у Варварских и Ильинских ворот Китай-города. С криками «Грабят Богородицу!» она ворвалась в Кремль и в Чудов монастырь и разграбила их. На следующий день более крупная толпа взяла приступом Донской монастырь, где укрывался Амвросий, обнаружила его и растерзала живьём. Другая толпа в это время громила больницы и карантинные дома, убивая докторов и больных. Полиция сбежала или попряталась.
После бегства властей генерал-поручик Пётр Еропкин, которому императрица ещё 25 марта поручила руководство карантинными мероприятиями в столице, остался старшим по званию в Москве. Он с горстью из 130 солдат принялся за подавление бунта. Не дожидаясь разрешения из Петербурга, сношение с которым заняло бы несколько дней, он оперативно распорядился двинуть в столицу Великолуцкий полк. К 20 сентября порядок в Москве был восстановлен, при этом убито несколько сотен бунтовщиков. Еропкин просил императрицу отставить его с должности за великое кровопролитие. Екатерина уважила его просьбу, наградив при этом 20 тысячами рублей.
21 сентября в Москву был направлен с чрезвычайными полномочиями один из любовников императрицы граф Григорий Орлов, который и стяжал во всероссийском масштабе все почести и славу главного ликвидатора московской чумы (в Пушкине—Царском Селе по сей день красуется колонна в его честь, поставленная в связи с этими событиями). В начале 1772 года, благодаря строгим карантинным мерам, эпидемия пошла на спад, хотя отдельные случаи заболевания отмечались до 1774 года.
По официальным данным, в Москве от чумы умерло 56 907 человек. В письме одному из своих зарубежных корреспондентов, Ф.М. Гримму, Екатерина II признавалась, что чума унесла больше 100 тысяч жизней. Всё население Москвы в то время составляло около 200 тысяч человек.