Войны России с чукчами продолжались с 1642 по 1775 год и закончились фактически вничью. Российское подданство чукчей было номинальным. Вплоть до 1920-х годов чукчи управлялись по своим законам, старейшинами родов. Издать указ, объявлявший о присоединении Чукотки к Российской империи (1779 г.), Екатерине II дало возможность только освобождение чукчей от уплаты ясака сроком на десять лет. Впрочем, и по истечении этого срока взимать ясак с чукчей оказалось невозможно. Это было подтверждено в «Уставе об управлении инородцев» (1822 г.), согласно которому чукчи платили ясак добровольно и не могли быть к этому принуждаемы. Таким образом, в ходе почти полуторавековых войн с русскими чукчам удалось отстоять свою независимость.
Главной причиной этого был боевой дух чукчей, презрение их к смерти и многовековая привычка к войнам. Чукчи считали себя господами среди окрестных народов – эскимосов, юкагиров, коряков. С ними они вели частые войны. Военные столкновения перемежались меновой торговлей, но любой торг, из-за несогласия в цене, мог превратиться в очередную войну. Чукчи торговали, можно сказать, с копьём в руке. Любопытно, что чукчи вообще не считали иноплеменников за людей, и лишь русские, благодаря превосходству своего огнестрельного оружия и победам над чукчами, удостоились со стороны последних признания в «человеческом статусе».
Военное воспитание начиналось у чукчей с раннего детства. Чукчи постоянно тренировались в ратном мастерстве, устраивая учебные поединки и перестрелки, редко обходившиеся без убийств и увечий. Основными видами оружия были лук, праща и копьё. Тело чукотского воина прикрывалось доспехами из кожи или костяных пластин. До прихода русских чукчи не знали железа, однако быстро оценили преимущества железных ножей и топоров. Научились чукчи пользоваться и трофейными ружьями. Вплоть до конца XIX века царское правительство официально запрещало продавать чукчам огнестрельное оружие.
В войнах у чукчей участвовали не только все взрослые мужчины, но и значительная часть женщин. При общей численности чукчей обоего пола и всех возрастов около 10 тысяч человек, они выставляли против русских ополчения числом до 3000. Все они предпочитали смерть плену. Так, когда в 1702 году отряд казаков из Анадырского острога под предводительством Алексея Чудинова разорил 13 юрт и убил при этом 10 мужчин, а женщин и детей взял в плен, то многие пленные матери убили своих детей и себя.
Загадкой остаётся, каким образом этот воинственный и бесстрашный народ, которым ещё сто лет назад русские матери на Камчатке и в Якутии пугали своих детей (впрочем, русские в глазах чукчей имели столь же устрашающий характер), стал в конце ХХ века излюбленным персонажем анекдотов.
Презрительное отношение чукчей к другим народам и страх последних перед чукчами всякий раз препятствовали созданию межплеменных союзов против русских. Последние пользовались этой разобщённостью аборигенов. Главными поводами для походов против чукчей служили для русских нападения чукчей на юкагиров, коряков, эвенов, принявших российское подданство и плативших ясак. Даже когда, под влиянием побед чукчей, эти народы восставали против русской власти, чукчи не делали никаких попыток привлечь их на свою сторону и объединить усилия в борьбе против русской колонизации, а вели себя с ними по-прежнему, то есть нападали, уводили оленьи стада, захватывали в рабство женщин и детей. Удивительным образом, эта межплеменная вражда не помешала чукчам, в конечном итоге, отстоять свою независимость.
Разделение чукчей на несколько независимых кланов не позволяло им эффективно объединять даже свои военные силы. В то же время, такая раздробленность затрудняла русским покорение Чукотки, так как привести в подданство можно было лишь конкретные роды, но не всех чукчей сразу.
В 1727 году Россия приступила к систематическому покорению Чукотки. Несмотря на приказы, предписывавшие щадить туземцев, местные начальники Афанасий Шестаков и Дмитрий Павлуцкий пытались жестокостью сломить волю чукчей к сопротивлению. В 1731 году Павлуцкий совершил один из таких образцовых карательных походов. Не вступая в переговоры, он просто нападал на чукотские поселения, вырезал мужчин и захватывал женщин и детей. В чукотском фольклоре Павлуцкий, прозванный почему-то Якуниным, приобрёл черты мифологического злодея. Не чуждались русские начальники и вероломства. Так, в 1740 году казачий сотник Василий Шипицын пригласил к себе на переговоры 12 чукотских старейшин, изъявивших готовность платить ясак. Те прибыли без оружия, и Шипицын приказал своим казакам всех их перебить.
Эти меры не могли не вызвать ответную жестокость со стороны чукчей. И теперь от высокого начальства стали исходить приказы об истреблении аборигенов. Летом 1740 года Сенат издал указ, предписывавший «чюкч самих в конец разорить и в подданство… привесть». Иркутский генерал-губернатор Ланг настаивал на самых крайних мерах. Основываясь на его докладе, Сенат в феврале 1742 года предписал «искоренить вовсе» тех чукчей, которые продолжали сопротивляться русской власти. Тех же, которые согласятся покориться, надлежало депортировать в Якутию – поближе к властям.
Во исполнение этого жестокого указа Павлуцкий в 1744-1747 гг. совершил рад карательных экспедиций. Во время последней из них его отряд был окружён превосходящими силами чукчей и сам истреблён. Погиб и Павлуцкий.
Наряду с чукчами, в это же время восстали и коряки. Их покорение в 1750-х гг. потребовало значительных усилий со стороны России. К корякам применялись такие же карательные меры устрашения. По оценке современных историков, в ходе этих войн было истреблено больше половины коряков. После завершения покорения коряков, сил и средств продолжать завоевание чукчей не было. Чукчей во многом спасла удалённость их земли.
Кроме того, изменился сам взгляд петербургского правительства на значение Чукотки. Ресурс в виде «рыбьего зуба» (моржовых клыков) и оленьих шкур, которые, в виде ясака, могли платить чукчи, был ничтожным. Вдобавок в это время открылись возможности для эксплуатации меховых богатств Аляски. Чукчей решили оставить в покое.
В 1764 году императрица Екатерина II резюмировала в своём указе, что в чукчах, по причине «зверского их состояния» и крайней отдалённости их области, «никакой России надобности и пользы нет, и в подданство их приводить нужды не было». В 1771 году было ликвидировано Анадырское поселение. Последнее крупное военное столкновение русских с чукчами относится к 1775 году, когда комендант Гижигинской крепости Пересылкин приказал перебить явившихся под ней чукчей (как выяснилось позже, они пришли, чтобы выразить намерение принять российское подданство).