Самоназвание финно-угорского народа мари означает «мужчина, человек». Подобное же значение имело, очевидно, имя исчезнувшего народа меря, жившего в Центральной России. Некоторые лингвисты считают даже, что собственные названия всех финно-угорских народов Поволжья имеют сходную этимологию. Марийцы издавна делились на две большие группы: горных мари – на высоком правобережье Волги, и луговых мари – на низменном левобережье.
Русские называли марийцев черемисами. Происхождение этого имени неясно. Словом «црмис» называет этот народ хазарский каган Иосиф в письме к иудейскому сановнику халифа Кордобы в Испании Хасдаю ибн Шапруту (960 г.). По одной из версий, именование марийцев черемисами русские заимствовали у мордвы, по другой это термин тюркского происхождения, означающий «воинственный человек», и т.д.
В IX веке марийцы попадают в зависимость от Хазарского каганата, а в Х столетии – от Волжской Болгарии. Эти государства ограничивались, видимо, взиманием, лёгкой дани с марийцев и номинальным признанием их подданства, не вмешиваясь во внутренние дела марийцев и не посягая на их земли. Так продолжалось и после того, как власть Волжской Болгарии в Поволжье сменилась на господство Золотой Орды (XIII век), а позже – Казанского ханства (XV век).
По некоторым известиям, уже в XII веке какая-то часть марийцев платила дань владимиро-суздальским князьям. В конце XII столетия новгородские ушкуйники основали город Вятку в земле удмуртов и тогда же захватили марийский городок Кокшаров на месте нынешнего Котельнича.
Между русскими землями, с одной стороны, и Волжской Болгарией, а впоследствии Казанским ханством, с другой, часто велись войны. Марийцы обычно поддерживали противников Руси, поскольку те предлагали более лёгкую форму зависимости. Булгарам и татарам было достаточно уплаты дани. Они, будучи мусульманами, не посягали на традиционную языческую религию марийцев. Экспансия же русских грозила марийцам потерей лучших земель для хлебопашества вдоль рек и насильственным крещением.
В 1523 году, во время очередной войны с Казанью, московский великий князь Василий III направил от Нижнего Новгорода по Волге войско под командованием своего ставленника на казанский престол Шиг-Алея и московских воевод, князей В. Шуйского и Б. Горбатого. Они, по словам Н.М. Карамзина, «воевали неприятельскую землю, убивая, пленяя людей на берегах Волги». Это могли быть действия только против подданных Казани – марийцев и чувашей, а не против татар, так как до Казани войско не дошло. Это же войско основало в устье Суры, на земле горных мари, крепость Васильсурск, сыгравшую большую роль в последующем завоевании Казанского царства.
В 1551 году горные мари, жившие в окрестностях Васильсурска и новой русской крепости Свияжска, принесли присягу на подданство Москве. Иван IV тут же заставил их воевать против Казани, в которой ему удалось воцарить Шиг-Алея. Вскоре начались события, окончившиеся ликвидацией Казанского царства. Воеводы Ивана IV, воспользовавшись очередной смутой в Казани, свели Шиг-Алея с престола и инспирировали прошение части казанских вельмож о принятии Казани в прямое московское подданство. Но в ответ на это поднялась и победила другая партия, отстаивавшая независимость Казани. Это эхом отозвалось и в народах Среднего Поволжья. Горные мари тут же восстали против Москвы. Прежде чем идти на Казань, войску Ивана Грозного пришлось усмирять это восстание, что и было им сделано летом 1552 года.
Окончательное покорение луговых мари растянулось на значительно более долгий срок. Во время осады Казани осенью 1552 года русское войско предприняло поход на луговых марийцев, постоянно тревоживших его нападениями с тыла. Падение Казани не смирило марийцев. Война с ними (1-я Черемисская) шла ещё пять лет. Пороху в огонь подсыпала попытка московских наместников наложить ясак (натуральную подать) на марийцев. Те убили (зимою 1552/53 г.) двух московских дьяков и поднялись на восстание.
Карательные походы на марийцев начались весной 1553 года. Отряд воеводы Б. Салтыкова, выступивший из Казани, был наголову разгромлен повстанцами. Но другие отряды навели страху на марийцев, а также чувашей и татар. Зимою 1553/54 г. С. Микулинский, И. Шереметев и А. Курбский истребили, по свидетельству летописца, 10 тысяч неприятелей и более 20 тысяч, в том числе 15 тысяч женщин и детей, захватили в рабство. И. Мстиславский и М. Глинский захватили 1600 знатных марийцев и всех умертвили. Весной 1554 года Иван Грозный наградил своих воевод и отпраздновал окончательное покорение марийской земли.
Праздновать, однако, ему пришлось недолго. Уже летом 1554 года марийцы снова поднялись под руководством своего героя Мамич-Бердея. Организованная им борьба длилась два года. Только предательски захватив его в плен и убив, московские воеводы в 1556 году сумели переломить ход войны в свою пользу. Весной 1557 года оставшиеся луговые марийцы согласились сложить оружие и принести присягу на подданство Москве.
Произвол московских наместников и дьяков вновь заставил марийцев взяться за оружие в страшные для всей России годы Опричнины. Воспользовавшись шоком Ивана Грозного после сожжения Москвы крымским ханом Девлет-Гиреем, в 1571 году сын Мамич-Бердея Качак поднял восстание (2-я Черемисская война). В 1574 году оно было подавлено.
Последнее восстание (3-я Черемисская война) было самым мощным. Как и во время 1-й войны, вместе с марийцами против московского господства выступили чуваши и часть казанских татар. На этот раз, зимой 1581/82 г., первыми восстали горные марийцы. Им удалось нанести поражение русским войскам. Иван Грозный приказал подвергнуть своих воевод публичному унижению, а вернувшихся воинов бить палками. Но и карательные походы 1583 года обернулись поражением и позором для московской рати. До конца своих дней (март 1584 г.) Иван Грозный так и не успел увидеть смирение непокорных марийцев. Их восстание было окончательно подавлено только в первые годы царствования его сына Фёдора, при фактическом правителе Борисе Годунове.
«Сии дикари свирепые, – пишет Карамзин про луговых марийцев в этой их войне за независимость, – озлобленные, вероятно, жестокостию царских чиновников, резались с московскими воинами на пепле жилищ своих, в лесах и вертепах, летом и зимою; хотели независимости или смерти».
У марийцев отобрали их лучшие пахотные земли вдоль Волги и Вятки, что наглядно показывает цель русской экспансии и мотивы ожесточённого сопротивления марийцев. Марийцам было также запрещено заниматься кузнечным ремеслом (чтобы не ковали себе оружия), а также оставаться в городах в тёмное время суток. Такая политика сегрегации, несмотря на принудительную христианизацию, вероятно, способствовала сохранению частью марийцев своей национальной религии.